3.Bloc de texte texte structuré

Le bloc de texte est la structure sous laquelle est enregistré un texte.
Il est composé de quatre type d'éléments délimités par les couples de délimiteurs < >, ( ), { } et [ ]

3.1.Bloc structurel

On a donc une forme générale:

<etiquette_de_bloc>(titre) [reference]
{
...
... [reference] ...
...
<etiquette_de_sous_bloc>()
{
...
... [reference] ...
...
... <etiquette_dans_texte> ...
...
... [reference] ...
...
etc...
}
}

qui peut donc être imbriquée: Un bloc de texte peut contenir d'autres blocs de textes.

Un bloc particulier est le bloc du fichier entier dont la ligne d'étiquette contient:

la macro pour générer cette ligne est &fnt fnt pour un fichier texte.
Il existe d'autres macros &fn pour les types de fichiers sources courant.

• les fichiers de la base sont reférencés dans des fichiers nommés domaine, d'extension .dom
• le domaine racine donc racine.dom est le domaine de plus bas niveau domaine racine  comme son nom l'indique.
  
• le domaine contient la liste des chemins d'accés aux fichiers et éventuellement aux sous-domaines.
  
• un sous-domaine est caractérisé par le caractère @ qui précéde le chemin du domaine ainsi utags saura qu'il doit analyser ce fichier comme un domaine.
  
• ceci forme un arbre hiérarchique dont les branches sont les domaines et les feuilles les fichiers.
  à l'intérieur des fichiers cet arbre continue à travers l'imbrication des blocs de textes grace à l'étiquette des blocs.
  
• pour ajouter vos fichiers à la base mentor, il est recommandé de créer un ou plusieurs domaines dans le domaine racine_dom et d'éditer ses fichiers en y ajoutant vos fichiers.
  Cela peut se faire automatiquement par une commande shell, exemple sur unix:
  !!find . -name *.* -print
  ou sous windows:
  !!dir /b /l /s *.*
  

• utags génére un fichier sommaire lorsqu'il analyse un fichier l'extension du sommaire est ".som" le nom du sommaire du fichier courant est aide_utags_txh.som
• pour le fichier courant l'étiquette est sommaire aide utags txh  et se trouve comme on la vu sur la première ligne du fichier
• la macro pour accéder directement au sommaire est &gsf gsf
• une fois dans le sommaire choisissez une étiquette pour revenir dans le fichier par altgr-$ (mais cela va s'inscrire dans l'arbre de navigation)
• ou bien tapez cette macro pour accéder au sommaire puis faite F6 pour revenir dans ce fichier ou F8 si vous voulez pouvoir switcher facilement en le fichier et son sommaire.
  
• utags génére aussi un sommaire général pour tous les fichiers de la base, pour y accéder utiliser la macro &gsg gsg
• le sommaire général se compose de blocs de textes dont les étiquettes sont les domaines et dont les blocs sont composés de la liste des fichiers ou des sous-domaines du domaine.
  C'est à dire que ces blocs sont les sommaires des domaines.
  
• la première référence dans le bloc d'un domaine est un lien vers le fichier domaine lui-même.
  
• si vous naviguez à travers cette référence du fichier domaine par exemple domaine utags  vous aller voir la liste des chemins des fichiers. Ignorez les lignes "CSV" qui font parti du prochain module mentor qui traite les données structurées (les tableaux de données) le module utags traitant les données dites "non-structurées", c'est à dire le texte mais auquel le langage de balisage leger mentor donne une structure.
  

• vous pouvez naviguer à volonté dans l'hypertexte et revenir à votre point de départ par la touche F6 et repartir dans l'arbre de navigation par la touche F7

• avec tout ces déplacements vous aurez peut-être besoin de mémoriser une position spécifique dans un fichier pour y revenir directement.
  Vous pouvez utiliser pour cela une commande de marque vi : mp par exemple pour marquer par la lettre "p" la position de la ligne courante et la retrouver aprés des déplacement dans le fichier par la commande 'p

  1.Fichiers générés par utags

• utags lorsqu'il analyse l'arbre des domaines, génère un certain nombre de fichiers :

• ces fichiers se trouvent sous le répertoire $BASE/ht.
  

• le fichier le plus important est le fichier des étiquettes nommé "utags" auquel on peut acceder en tapant la commande ":ta tags" ou la macro &gut gut (à partir de maintenant on ne précisera plus dans le texte pour une macro mentor le "&" et donc seulement la référence.
  
• le fichier utags à la structure d'un fichier tags comme le génère la commande unix ctags pour les sources du langage C.
  
• on peut rechercher l'emplacement d'une étiquette dans le fichier utags par la macro frt.
  

• le fichier "arbre.txt" auquel on peut accéder par la commande gag (non ce n'est pas une blague).
  Dans ce fichier on visualise la totalité de l'arbre des domaines avec ses feuilles, les fichiers, c'est à dire que l'on voit à la fois pour un fichier, le chemin mentor et le chemin du système de fichiers.
  Ainsi utags fourni un autre mode d'accés et une autre organisation à vos fichiers.
  Une double hiérarchie donc.
  
• le fichier "source.txt" accés par gas qui est le résultat d'une commande utags particulière qui ne traiterai qu'un domaine particulier ou un fichier au lieu du domaine domaine racine .
  

• le fichier "urefs" est aussi très important, il s'agit des références croisées, c'est à dire la liste des fichiers où une référence est citées dans un texte.
  Si on se trouve sur une étiquette, la macro frr permet donc de trouver où cette étiquette est utilisée, ce qui est pratique si on veut la supprimer pour garder la cohérence de l'hypetexte.
  Il faut logiquement supprimer aussi ses références.
  Pour accéder au fichier urefs sans faire une recherche : ":ta refs"

• le fichier hist_utags.txt est une log qui contient le nom du fichier analysé par la commande utags et sa date de modification. On a ainsi une historique des modifications réalisées dans l'hypertexte au niveau fichier.
  

• la connaissance que l'on possède sur une information dépend aussi de la manière par laquelle celle-ci a été insérée dans l'hypertexte.
  
• c'est pour cette raison qu'une attention toute particulière doit être portée pour l'édition de l'étiquette permettant de retrouver l'information.
  
• par information on entends le bloc de texte d'une étiquette de bloc ou le voisinage d'une étiquette dans un texte.
  
• on choisira logiquement les mots clés qui caractèrisent cette information pour constituer l'étiquette.
  
• une méthode également utilisée pour former cette étiquette consiste à utiliser une nomenclature d'infixe qui sont des codes à trois lettres
• cette nomenclature est proposée mais que vous pouvez l'étendre ou la remplacer en fonction de vos besoins.
  L'important est d'utiliser une nomenclature car cela permet de catégoriser l'information qui du coup se trouvera plus facile à retrouver parce que le nombre d'infixe est limité.
  

• il existe plusieurs niveaux pour atteindre une information dans l'hypertexte selon la connaissance que l'on a de cette information.
  
• si on connait complétement l'étiquette alors la méthode la plus simple est de taper la commande : ":ta etiquette"
• ensuite on peut utiliser soit le sommaire général gsg si on recherche un fichier soit le fichier utags gut si l'on recherche un bloc de texte.
  
• ensuite il suffit d'aller dans le fichier et de faire une recherche vi par la commande "/chaine/" suivi de enter
• la chaine de caractère peut être une expression régulière qui permet de faire une recherche souple sur des éléments syntaxiques.
  par exemple dans le fichier utags la recherche: /commande.*buffer/ vous placera sur l'étiquette commande de gestion de buffer vi
• fdr
• fonction domaine rechercher - effectue une recherche en texte intégral dans tous les fichiers d'un domaine elle utilise le programme nomfic qui crée la liste des fichiers d'un domaine en prenant en compte récursivement les sous-domaines.
  

  REMARQUE POUR LES DEVELOPEURS : ce document contenant des liens vers les sources des fichiers de macros vim ou des scripts perl sont un exemple de la manière de relier vos sources et vos documentations de spécifications techniques par des étiquettes mise dans les commentaires, rendant aisée la programmation lettrée.
  Egalement le sommaire du fichier (gsf) vous donnera une vision globale de votre sources et des liens pour accéder au code qui vous intéresse. Exemple avec le programme perl de génération des pages html : sommaire mt to htm pl  ( Programme largement perfectible - évolution dans des versions futures, comme l'include d'"inside html" dans le document source afin de bénéficier des feuilles de style.) Ces fontions donne une solution pratique à l'éternel problème de décalage entre le code et la documentation.
  Avec la méthodologie mentor, la documentation est un code comme les autres.
  

1.Tableau des macro commandes d'edition: pour le langage de balisage léger mentor

macro	mnemonique	commentaire
ebia	Edition Bloc Insertion Accolades	insére un bloc d'accolades
ebai	Edition Bloc Inversion Des Parenthèse	insére des accolades de façon à scinder un bloc
ebtb	Edition Bloc Tag Build	crée un bloc structurel complet en laissant en édition sur l'étiquette
ebma	Edition Bloc Mise En Accolades	met en accolade un bloc de ligne selectionné par F3-F4
ebmp	Edition Bloc Mise En Parenthèse	met en parenthèse un bloc de ligne selectionné par F3-F4
ebm	Edition Bloc Mise En Bloc Silencieux	il y a une série de macro ebm dont la dernière lettre est modifieur de bloc
etft	Edition Tab Fichier Texte	il y a une série de macro etf macro vim etf  dont la dernière lettre est le type du fichier source

2.Macro commandes de generation de l'hypertexte

• ces macros lancent avec plusieurs options, le programme utags qui analyse des fichiers de l'arbre des domaines.
  
• elles sont mappés sur les touches de fonctions F11 Shift-F11 Alt-F11 Ctrl-F11 et Ctrl-Shift-F11.
  

  2.1.Tableau des macro commandes de generation de l'hypertexte

  macro	mnemonique	commentaire
  ub	UTags Base	lance utags pour une analyse des fichiers modifiés depuis la dernière analyse sur toute la base (racine.dom)
  ud	Utags Domaine	lance utags pour un analyse des fichiers modifiés du domaine courant
  uf	Utags Fichier	lance utags pour l'analyse du fichier courant
  F11	ub racine.dom	raccourci ut
  M-F11	ud racine.dom général	raccourci ug
  C-F11	uf fichier	raccourci uf

• la commande la plus régulièrement utilisé sera certainement C-F11. Lorsque vous éditerez un document en créant des étiquettes et des références, vous utiliserez cette commande après avoir sauvegardé vos modifications pour actualiser la base utags avec des nouvelles étiquettes et la base urefs avec les nouvelles références.
  

REMARQUE : On retrouve les commandes décrites ici dans le menu Utags de la barre de menus de gvim.
Ce menu a été conçu pour donner un accés rapide à une aide pour remémorer les commandes.

REMARQUE : ces commandes ainsi et que le langage de balisage léger mentor sont les seules choses à connaitre pour disposer d'un outil puissant de gestion de l'information textuelle qui si vous l'intégrez pour servira constament et pour longtemps afin de conserver et d'utiliser pratiquement toutes vos informations utiles.

• le fichier extensio lst contient un tableau des extensions de fichier connu et leur proprités utilisées par le programme utags
• le fichier $BASE/ht/ref_abs.txt répertorie les références qui n'ont pas d'étiquettes correspondantes.
  
• le fichier utags par paramètres pilotant le fonctionnement du programme utags

Dans le menu Utags on trouve un sous-menu "Exploitation" qui permet de sauvegarder ou d'archiver un domaine en entier et aussi d'archiver des versions successives de fichiers.

• "Archiver" associé à la macro fiv qui crée une copie du fichier courant avec un nom comportant un numéro incrémental. (script iv sh).
  
• "ListerArchive" associé à la macro fva qui liste les différentes archives du fichier courant.
  
• "GoLogArchive" associé à la macro gla qui ouvre un buffer de la log des différentes archives de fichier. On peut éditer la log pour renseigner la raison de l'archivage sur la ligne de log correspondante au fichier archivé.
  

REMARQUE : une gestion des données structurées sera prochainement proposée.

Ce nouveau module est l'intégration des fonctions tableur et SGBDR (système de gestion de base de données relationnelles).

Il s'implémente à travers des blocs de texte du type CSV dont les étiquettes sont les noms des tables du SGBDR.

Un langage de script sera également intégré à ce module pour programmer ces données.
vous permettant de réaliser rapidement des applications de toute nature.

Exemple particulier de réalisation : génération de partition musicale de protéodie à partir du code FASTA d'une protéine :

partition_de_la_protéodie_stimulatrice_de_phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum

http://quantique.alwaysdata.net/phenylalanine_ammonia_lyase_1_pisum_sativum_sti_part_txh.htm